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Gráficos de barras sobre la taxonomía a nivel phylum
# Normalizar los datos
datos_norm <- transform_sample_counts(datos, function(x) x / sum(x))
# Agregar información taxonómica al nivel de phylum
datos_phylum <- tax_glom(datos_norm, "Phylum")
plot_bar(datos_phylum, x = "Group", fill = "Phylum") +
geom_bar(stat = "identity") +
theme_minimal() +
labs(title = "Taxonomy at Phylum Level", x = "Group", y = "Relative Abundance")
#la abundancia relativa de los diferentes filos en cada grupo utilizando colores o patrones diferentes
#mutran una diferencia significativamente visual a diferencia del analis de ADONIS2
Análisis de la diversidad alfa y generación de tests estadísticos
# Calcular métricas de diversidad alfa
diversity_alpha <- estimate_richness(datos, measures = c("Observed", "Shannon", "Simpson"))
diversity_alpha$Group <- sample_data(datos)$Group
# Gráfico de la diversidad alfa (Shannon Index)
ggplot(diversity_alpha, aes(x = Group, y = Shannon)) +
geom_boxplot() +
geom_jitter(width = 0.2) +
theme_minimal() +
labs(title = "Alpha Diversity (Shannon Index)", x = "Group", y = "Shannon Index")
#en la grafica de cajas apreciamos una mayor diversidad entre enfermos y sanos
Plot
Informe de bio estadistica