WORKFLOW BIOINFORMÁTICO PARA META ANALISE DE EXPRESSÃO DIFERENCIAL EM DADOS DE RNASEQ - Diferential Expression with voom-lima package - Meta Analysis of DEG results with meta

Neste tutorial exemplificamos a aplicação do teste de hipótese kruskal-wallis na integração de “Copy Number Variation” e Expressão de Genes. Essa integração foi demonstrada no tutorial CNeEXP. Os testes de avaliação da distribuição normal foi previamente realizada no referido tutorial acima, o que demonstrou que os dados não seguem uma distribuição normal, deste modo, sendo indicado o teste aqui exemplificado. A doença em estudo é a Leucemia Mielóide Aguda (LMA).

Este é um fluxo de análise para investigar o enriquecimento de vias moleculares para os genes envolvidos em vias biológicas da Leucêmia Mielóide Aguda. Genes os quais nesse conjunto experimental possuem alterações no número de cópias gênicas apresentam correlação estatísticas com a expressão gênicas.

Analisamos amostras de Leucemia Mielóide do projeto ICGC Data Portal TCGA-LAML obtidas do banco de dados ICGC Data Potal https://dcc.icgc.org/. O objetivo foi processar e integrar a análise de “Copy Number Variations” e Sequênciamento de RNA (expressão de genes). Este workflow computacional criar novas funções, bem como utilizar diferentes ferramentas para trabalhar com dados de projetos TCGA e concatena os algoritimos computacionais em um pacote denominado CNVcExp.