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Predicting open reading frames in Arabidopsis thaliana chloroplast
For this occasion, we'll use predORF function with Bioconductor.
Finding Unannotated transcribed regions using Bioconductor framework
In essence, we have some genes that we know about and we are able to see that they are transcribed as the have aligned read coverage, but there are another regiones that don’t lie in any annotations and we have to know the locations of those alignments of the reads.
Drosophila melanogaster RNAseq data Analysis using DESeq2 library
We will estimate the differential expression of RNAseq transcripts of Drosophila melanogaster genome during its developmental stages like L1, L2, etc using DESeq2 library in Rstudio Bioconductor package.
RNAseq data Analysis using edgeR library in Bioconductor
Estimate the differential expression of RNAseq transcripts of Drosophila melanogaster genome during its developmental stages like L1, L2, etc using edgeR library in Rstudio Bioconductor package.
Ecological Niche Modeling with Maxent Algorithm
In this opportunity, we have modeled the Ecological Niche and Spatial Distribution of a butterfly specie (Morpho sulkowskyi) known as "middleday butterfly". We used Wallace Interface and Maxent
Estadística Inferencial con datos multivariados
El siguiente documento es un rmarkdown creado con datos importados de excel, con algunos datos multivariados para hacer inferencia estadística.
Segundo Parcial Bioestadística
Pontificia Universidad Javeriana Cali
Test de Significancia de Fisher- Post-ANOVA
El Test LSD (Least significant difference) de Fisher es un test de comparaciones múltiples. Permite comparar las medias de los t niveles de un factor después de haber rechazado la Hipótesis nula de igualdad de medias mediante la técnica ANOVA. Todos los tests de comparaciones múltiples son tests que tratan de perfilar, tratan de especificar, tratan de concretar, una Hipótesis alternativa genérica como la de cualquiera de los Test ANOVA.
El Test se basa en la creación de un valor común, un umbral, basado en un test de la t de Student. Se realizan todas las diferencias entre medias de los t niveles. Las diferencias que estén por encima de este umbral indicarán una diferencia de medias significativa y las diferencias que estén por debajo indicarán una diferencia no significativa:
Análisis exploratorio de Datos Bioestadística
Primer parcial de la materia Bioestadística
Análisis exploratorio en Rstudio, introducción
Informe a partir de la primera clase con RMarkdown. :)