Tutorial para crear tablas en R Markdown. Incluye desde tablas sencillas a tablas más complejas que incorporan gráficos en las celdas. Autor: Álvaro Alonso Fernández Se puede utilizar para fines no comerciales, sin modificación y citando la fuente.

Breves notas complementarias para la clase de Ecología: Individuos y Poblaciones de 2º Grado de Ciencias Ambientales de la Universidad de Alcalá. Autor: Álvaro Alonso Fernández Se puede utilizar para fines no comerciales, sin modificación y citando la fuente.

Veremos cómo representar un mapamundi en R. Además aprenderemos a señalar países concretos con su correspondiente leyenda. Por favor, si utilizas está información que sea para fines no lucrativos y citando la fuente.

En el tutorial aprenderemos a representar un mapa de España con sus provincias y Comunidades Autónomas. También veremos cómo representar un mapa de cualquier país del mundo.

Exportar un dataframe a una tabla de Word

Exportar de forma sencilla y rápida un dataframe a formato Excel utilizando R

Práctica 1 y 2 de la asignatura Ecología: Comunidades, Ecosistemas y Aplicaciones. Se puede reproducir el contenido íntegro, citando a los autores, sin modificar y para fines no comerciales.

Algunas aproximaciones gráficas y estadísticas a los datos generados en la práctica de la asignatura transversal de Introducción a los TFGs orientados a la investigación Profesor: Álvaro Alonso Fernández Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Algunas nociones básicas para alumnos del Grado en Ciencias Ambientales. Autor: Álvaro Alonso Fernández. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Se explica en el tutorial cómo hacer un gráfico Ridgelines o Joyplot para mostrar las densidades de probabilidad de una variable cuantitativa entre varias categorías de una variable cualitativa. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Se muestra un tutorial para hacer un gráfico de violín con ggplot2. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Se explica como hacer un gráfico de sectores o de quesitos o de proporciones con ggplot2 y con lessR. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Tutorial para hacer histogramas en R. Tanto con R base como con ggplot2. Se seguirá paso a paso el procedimiento, incluyendo curvas de densidad, varios histogramas en la misma figura, diseño, etc. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Tutorial para hacer un Boxplot o diagrama de cajas con ggplot2. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Tutorial para hacer un gráfico de dispersión en R utilizando R base y ggplot2. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Aplicación de histogramas de frecuencia, qqplot y test de Shapiro-Wilk para comprobar la normalidad de nuestros datos. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Tutorial para realizar una regresión lineal en R. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Se muestra como realizar representaciones gráficas de series temporales aplicando diferentes modelos a los datos representados. Se utiliza para ello ggplot2. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Aplicación del paquete "vembedr" para incluir vídeos de Youtube en un documento de RMarkdown. Se puede ver el vídeo directamente en el documento html, cambiar el tamaño, ratio, posición e incluso el tiempo de inicio del vídeo. Se puede reproducir el contenido sin modificar, para usos docentes, sin ánimo de lucro y citando al autor.

Sencillo tutorial para calcular la chi cuadrado utilizando R. Se utiliza un ejemplo simulado sobre la supervivencia de una especie a un tóxico.

Análisis de datos ecotoxicológicos de tipo concentración-respuesta o dosis-respuesta aplicando el paquete de R drc. La aplicación de modelos tipo logic o similares permite estimar EC50 y sus límites de confianza. Además, se pueden comparar las posibles diferencias entre modelos o estimar el grado de ajuste de los mismos.

Aplicación del Analysis of similarities (ANOSIM) y del Non-Metric Multidimensional Scaling (NMDS). Se trata de dos métodos muy utilizados en el análisis de comunidades en Ecología. Para ambos no se requiere normalidad de los datos. Se emplea un ejemplo de una comunidad de peces ficticia. Se requiere algo de base con ggplot2 para entender completamente el tutorial.

Paquete para crear páginas interactivas con R Markdown. Se muestra un ejemplo de sus posibilidades. Se pueden crear varias páginas, insertando tablas dinámicas, figuras, texto, código, mapas, etc.

Utilizaremos las funciones 'gather()' 'spread()' y 'separate()' del paquete 'Tidyr' de R. Por medio de estas funciones podemos pasar varias variables que se encuentran en columnas separadas a una única variable y al revés. Además, podemos añadir nuevas columnas con variables que se encontraban agrupadas en una única variable. De paso haremos algunas representaciones de datos con ggplot2 de series temporales.

Modo sencillo -utilizando el paquete ggplot2- de crear un gráfico de barras con la media y la desviación estándar. Se tratará también los temas de color, tamaño de barras, etc.

Algunas ideas para realizar un análisis visual y cuantitativo de nuestros datos. Este es un trabajo previo a cualquier análisis estadístico y nos va a permitir detectar errores, valores perdidos, outliers, etc. en nuestra base de datos.

Análisis de curvas de supervivencia en R, utilizando Kaplan-Meier y regresiones Cox. Paquetes utilizados survival, dplyr y survminer. Análisis adecuados para datos de ecotoxicología, germinación, etc.

ANOVA de una vía de medidas repetidas y su correspondiente análisis no paramétrico. Se aplica para variables dependientes que se han medido varias veces en los mismos individuos, es decir las observaciones no son independientes entre si.

Análisis ANCOVA y PERMUTATION. Se verá el efecto de un tratamiento categórico y de una covariable cuantitativa en la variable dependiente cuantitativa.

Representación gráfica y realización de una correlación de Pearson y otra de Spearman

Como representar gráficamente dos variables y su relación. Ajustar el modelo más adecuado a la relación entre dos variables.

Como realizar un PCA y un NMDS en R

Algunos ejemplos de gráficos para representar nuestros datos

Aspectos básicos para empezar a trabajar en R

Se explica el modo de realizar un test Chi Cuadrado y diferentes formas de representar nuestros resultados

ANOVA de un factor y su alternativa no paramétrica Kruskal-Wallis. Representación gráfica de los resultados por medio de una figura de barras.

Realizar un t-test para datos no pareados y para datos pareados. Alternativa no paramétrica por medio de la U de Mann-Whitney.

Práctica Toxicología Ambiental y Salud Pública Autor: Álvaro Alonso Fernández, Universidad de Alcalá

Práctica de 2º de Grado de Ciencias Ambientales Profesor: Álvaro Alonso Fernández

Modelos para Análisis de Bioensayos. Paper de referencia: Ritz C and Streibig JC (2005) Bioassay Analysis using R. Journal of Statistical Software 12: 1-22.

Crear un índice en RMarkDown

Ejemplo de ajuste de distribuciones de: Delignette-Muller and Dutang 2015 Fitdistrplus: An R package for fitting distributions 64: 1-34

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