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Salvador Mandujano Rodríguez

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RAI: an R package to calculate relative abundance index from camera-traps
The main propose of this package is to provide different functions to calculate the RAIs for the species captured with cameras-traps in the same or different locations and seasons. The RAI package was development with few functions that allow automatic store of tables, statistical results, figures and maps. In this vignette I introduce the R package RAI developed to estimate relative abundance indices for different species through photo-trapping data. The package allows to comparison of RAI among species or between selected single species. I presents a step-by-step the procedure for estimating the RAI considering three models: 1) Traditional or classical RAI where total data are grouping for each species; 2) Alternative RAI that allows estimating the variation considering the data from each camera; and 3) As a generalized Poisson-type linear model with offset.
Función para crear una grid de cámaras-trampa en campo
El objetivo de esta viñeta es presentar una función a la que he nombrado mi_grid escrita en R, para crear diferentes posibles diseños de disposición en campo de las cámaras-trampa.
Fototrampeo reproducible en R
Este capítulo muestra aspectos muy generales del gran potencial del programa `R` para analizar, visualizar y socializar los resultados de las investigaciones biológicas. `R` es un programa muy poderoso y sumamente útil para diferentes tareas en el trabajo ecológico. Como se muestra en los diferentes capítulos del presente libro, `R` sirve para analizar y resolver muchos aspectos en el trabajo de foto-trampeo. A lo largo de cada capítulo se irá detallando diferentes paquetes, funciones y otros aspectos prácticos. Sin embargo, como toda tarea nueva, el aprendizaje y dominio de `R` no es rápido y requiere de mucha paciencia por parte del usuario. Las cinco herramientas presentadas en este capítulo: `R`, `RStudio`, `RMarkdown`, `RPubs` y `GitHub` sirvieron para organizar, analizar, procesar, editar, publicar y depositar el material suplementario de los dos volúmenes del *Foto-trampeo R*.
Previo al cálculo del IAR
En esta viñeta describimos un procedimiento muy sencillo para preparar la base de datos para luego ser empleada con la función RAI( ).
Fototrampeo en R: organización y análisis de datos
El libro *Foto-trampeo en R* tiene los siguientes objetivos: 1. Organizar las fotos de manera más eficiente y sencilla. 2. Aplicar diferentes programas y paquetes R. 3. Analizar la información para diferentes objetivos como: estimar la ocupación, abundancia y densidad poblacional; la actividad y traslape; y la riqueza y diversidad de especies; y otros temas relacionados con el diseño y muestreo. 4. Conocer libros, artículos y recursos en internet sobre el foto-trampeo.
Ejemplo de modelo de ocupación
Se modela la ocupación por un especie de ardilla en Suiza. El ejemplo se basa en Pp. 590-600 del Capítulo 10 libro Kéry y Royle (2016). Se hicieron cambios menores al código original.
Regresión lineal simple
Ejemplo hipotético de la relación entre la profundidad del agua (en centímetros) y el número de individuos de una rana. En este caso hipotético cuenta el número de ranas en 20 unidades de muestreo. ¿Hay relación entre el número de ranas y la profundidad de las charcas?
Introducción al modelado
Los modelos estadísticos ayudan a entender los sistemas naturales
Bibliografia foto-trampeo en México 1998-2017
Se presenta la lista bibliográfica de los estudios publicados donde se emplea el foto-trampeo como método principal o complementario para obtener información de mamíferos y aves de talla mediana y grande en México, de 1998 a 2017. Las citas se presentan en dos formatos: - Formato API - Formato BibTex
Introducción a RMarkdown
Introducir a los alumnos al empleo práctico de RMarkdown empleando la plataforma RStudio para crear documentos científicos reproducibles y dinámicos para sus trabajos de tesis, elaboración de artículos, creación de libros, elaboración de presentaciones; en diferentes formatos: PDF, html, Word, ebooks, beamer y otros.
Taller
Introducir a los alumnos al empleo práctico de RMarkdown empleando la plataforma RStudio para crear documentos científicos reproducibles y dinámicos para sus trabajos de tesis, elaboración de artículos, creación de libros, elaboración de presentaciones; en diferentes formatos: PDF, html, Word, ebooks, beamer y otros.
Curso Modelado Relaciones Fauna-Hábitat en R y SIG
En este curso se exploran las bases y el uso de modelos matemáticos de las relaciones entre la fauna y el hábitat. Se revisan diversos enfoques y estructuras de estos modelos. Se discute la importancia teórica, pero sobre todo de aplicación práctica en la investigación y el manejo de las relaciones entre la fauna y el hábitat; y cómo los modelos se pueden usar en la planificación y conservación del hábitat. Se abordan los modelos de manera muy práctica empleando diferentes paquetes en R y sistemas de información geográfica (SIG). En el curso participan profesores invitados con amplia experiencia en la investigación y modelado de la relación cuantitativa de la fauna-hábitat, exponiendo como conferencias experiencias propias y asesorando en prácticas de aplicación de los conceptos y enfoques de modelado.
Simulación movimientos
Simular y analizar el efecto del número de animales, ámbito hogareño y tamaño de grilla de muestreo, sobre la detección: simulación “Random Walker”
Bayesiano
Introducción breve al enfoque bayesiano
curso 2018
Introducir a los conceptos modernos de modelado poblacional, particularmente las aproximaciones de máxima verosimilitud y bayesianas. Enfocar estos conceptos a la estimación del tamaño poblacional: ocupación, abundancia y densidad. Introducir los modelos jerárquicos para la solución conceptual, analítica y numérica de la estimación poblacional. Aplicar los principales programas computacionales (MARK, PRESENCE, DISTANCE, BUGS) y paquetes R (unmarked, secr, SPACECAP, jagsUI, y otros). Conocer la literatura más reciente en este campo.
Fototrampeo: preparación de base de datos
En este artículo se presentan los pasos principales para editar la base de datos fotográfica obtenida con las cámaras-trampa. El código del presente ejemplo está basado en el capítulo de Rovero y Spitale (2016). Para ejemplificar, se emplean una base de datos de foto-trampeo obtenidos en una localidad de la Reserva de Biósfera Tehuacán-Cuicatlán.
Fototrampeo: organización de fotos en Wild.ID
Describir detalladamente los primeros pasos para organizar, gestionar y realizar algunos análisis preliminares empleando el programa `Wild.ID`. Para ejemplificar, se emplean una base de datos de foto-trampeo obtenidos en una localidad de la Reserva de Biósfera Tehuacán-Cuicatlán.
Fototrampeo: organización de fotos en camtrapR
En este artículo se presenta el proceso para organizar las fotografías obtenidas con cámaras-trampa empleando un paquete R muy interesante y relativamente sencillo. Para mostrar la utilidad del mismo, se ejemplifica con algunos datos obtenidos en un estudio que estamos realizando en una Reserva de Biósfera.
Fototrampeo: curvas de acumulación de especies
En este artículo se presenta el proceso para construir curvas de acumulación de especies a partir de registros obtenidos en cámaras-trampa.
mis Libros
En esta página se incluyen las portadas, contraportadas, contenidos, enlaces web y otros recursos, acerca de mis libros: 1. Venado cola blanca en Oaxaca: potencial, conservación, manejo y monitoreo. 2. Monitoreo y manejo del venado cola blanca: Conceptos y métodos. 3. Manual para estimar la densidad de venados en UMAs y ANPs empleando PELLET. 4. Ecología de poblaciones aplicada al manejo de fauna silvestre: cuatro conceptos (N, ʎ, MSY, PE). 5. Bibliografía estudios de venados en México. 6. Venados: animales de los dioses.
Modelo M0 de captura-recaptura
La captura-recaptura (CR) es uno de los métodos más frecuentemente empleados en los estudios de poblaciones animales (Sutherland, 2006). Los métodos CR tienen gran tradición en el estudio de animales con relativa facilidad para su captura e identificación de individuos (Amstrup et al., 2005; McCrea y Morgan, 2014). Actualmente con el auge de métodos no invasivos como el foto-trampeo (O’Connell et al., 2011) y los moleculares para identificar individuos a través del ADN (Mills et al., 2000), los modelos CR siguen en boga y se ha extendido su aplicación a una gran variedad de especies difíciles de capturar físicamente y/o que son raras (Thompson, 2004). En particular, los métodos captura-recaptura hacen uso de datos del historial de encuentros individuales, llamados también historias de captura; es decir, un registro de cada individuo capturado y recapturado en las trampas durante un periodo en el cual se considera espacial y demográficamente cerrada la población (McCrea y Morgan, 2014).
Distribución y abundancia: proceso de puntos
La ecología se puede definir como el estudio de la distribución y abundancia de las especies. En este página se introduce a los conceptos de Distribución y Abundancia. Se ejemplifica en R el "proceso de puntos" y sus posibles efectos en la detección en las unidades de muestreo.
Monitoreo fauna
Detectar cambios o tendencias en el tamaño de las poblaciones (o en cualquier otro parámetro, por ejemplo la fecundidad) a través del tiempo en el mismo sitio, o entre poblaciones habitando lugares diferentes.
Inventario de especies
La gestión de las cientos, miles o decenas de miles de fotos obtenidas con las camáras-trampa, requiere de herramientas eficentes de gestión y análisis de la información. En este ejemplo se muestran los pasos generales para ambas tareas.